1.缺乏嚴格的定量分析
精益方法解決問題的特點是更多依靠專家的經驗和直覺，不能使用定量的方法和專業的工具管理流程，難以解決復雜、全面、模糊的問題，難以做出科學、準確、高效的決策，難以真正實現“精益”
2.缺乏系統改進方法的整合
精益生產雖然能從企業整體考慮杜絕浪費，但缺乏系統性改進方法的整合，過于追求短期快速的效果和短期效益，容易出現“非-精益反彈”的現象。
3.易受波動影響
企業在實施精益方法時出現的故障，大部分是由波動引起的，概括起來就是人員、機器、材料、方法、測量和環境((5M1E))。之所以要在實施精益生產之前引入5S和TPM，是為了盡量減少5M1E因素的波動。如果不能做到工藝穩定，就很難真正做到“精益量產”。
1、比如六西格瑪強調精英的貢獻。
六西格瑪的成功實施離不開一批資深黑帶、黑帶等精英人員的貢獻，他們的大力支持和推動一方面保證了六西格瑪項目的成功；另一方面，由于缺乏對普通員工充分參與的重視和重視，企業普通員工的積極性不高。這些問題會降低六西格瑪實現應有的效果，甚至導致實現失敗。
2.一些企業的黑帶對項目中的場景不夠重視。
很多時候黑帶都是在電腦前進行統計分析，容易讓企業其他員工對六西格瑪黑帶的功能產生懷疑。
通過分析六西格瑪 管理和精益生產的優缺點，可以看出它們具有很強的互補性。下表是六西格瑪 管理和精益方法之間的綜合比較。
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